「運輸局長は、被控訴人らの消費税即時転嫁を妨害する目的で、右転嫁には運賃変更認可申請を要しないのに右申請をするように行政指導を行い、被控訴人らがした右申請を直ちに受理して1箇月以内に認可すべきであるのに、行政指導の名のもとに受理を引伸ばし、受理後においても4箇月以上も許否の決定をせず、その上で本来認可すべき右申請を却下した。」

「金員の返還と、被控訴人らが平成3年6月ないし8月の営業収入に対する消費税として納付した金額に対する各納付の日（その各金額と各納付の日は別表記載のとおり）の翌日以降支払済みに至るまで民法所定の年5分の割合による遅延損害金の支払いを求める。」

「他方、消費税制度の目的達成には、納税義務者である生産、流通過程の各事業者が納税の原資である消費税額分を円滑かつ適正に消費者に転嫁する必要があり、そのため国に対しても、消費税の仕組等の周知徹底を図る等必要な施策を講ずるものとされているのであって（税制改革法11条2項）、この点を考慮すると、本件のように、消費税転嫁を目的としてタクシー運賃の値上申請がなされたときは、地方運輸局長は、円滑な転嫁に資するため、速やかにその審査をし認可の許否を決すべきである。」

「被控訴人らは、平成3年3月20日、既に消費税転嫁による運賃値上を実施した同業他社が更に平均11.1パーセントの値上を認可されたことにより、タクシー運転手の賃金水準が一般的に上昇し、被控訴人らも同年4月1日から歩合制度の下で運転手の給料改善を図ることとなり、被控訴人らの円高差益もかなり落込んで経営努力だけでは限界となる見込みとなったため、消費税転嫁分3パーセントの値上げをする方針を定めたが、消費税の転嫁を理由とするタクシー運賃の値上げについては、運賃そのものの変更には当たらず、したがって、道路運送法9条による認可は不要であるとの見解に立ちながらも、運輸局との紛争防止の必要上念のため、」

「2年も経ち他のタクシー運賃との格差が14.2パーセントもあるのに僅か3パーセントだけの値上げしか申請せず、そのうえ、被控訴人らにおいて一般増車が認められるのであれば他の業者と同一水準までの運賃改定申請を行う用意があることを再三示唆するなどの事情があったので、今回運賃値上申請をするに至った」

「被控訴人の担当者から本件申請書の正式受理を要請された際にも、運輸局の担当者は、本件申請書の添付書類に不適切なものがあることを指摘せず且つ右の運輸局長の期待や考えを告げることもなく、自動車部長が笹井寛治との会談を強く希望している旨を伝えたに止まる。同年4月11日に自動車部長と笹井寛治との会談が実現したが、自動車部長がどのような行政指導をしたかは、明らかでない。」

「[21]控訴人は、被控訴人らの真意を探る必要があったから、受理が遅くなったことに違法はないと主張する。
[22]　そこで判断するに、前認定の事実によれば、本件申請は消費税を転嫁するための税額相当分の値上げであるから速やかに受理してほしい旨、被控訴人らの担当者が運輸局に申入れているのであるから、受理すべきか否かの審査段階での行政指導は、必要書類が完備しているか否かの形式的要件の他に、認可を受けるに必要な条件（値上率等の運輸局長の希望するところ）等について、指導を受ける側が推察出来る程度に示唆して指導すべきであったといわざるをえない。山本、武田の各証言によるも、これらの点に関し指導していたことを認めるに足らず、必要書類の不備は支局の提出窓口で申請書の授受の場で指導できる筈であり、値上率などについて疑問が生じた場合であっても被控訴人らの担当者（担当者は受理を求めて数回運輸局を訪れている）に質問するほうが速やかに応答を得られる筈であり、当審山本証言でも通常はそのようにしているという。結局のところ、控訴人の主張する本件申請についての被控訴人らの真意の確認は、本件申請の受理に際し検討する必要がない事柄であって、受理を遅らせたのを正当化することはできない。そして、添付書類の追加差替等の指導を本件申請書が提出されて後速やかにしておれば（速やかにしうる事案であることを前説示のとおり）、受理までに要する期間は、申請書提出後被控訴人らが原価計算書を追完するか否かを検討してその作成に要する期間程度で充分であると認められる。」

「[24](五)　控訴人は、本件却下処分が違法でないとして、その理由を詳細にわたって主張するが、要するに、いわゆる同一地域同一運賃の原則の正当性を前提として、本件申請では3パーセントの値上により法9条2項1号に定める要件が充分備わることになるか否かにつき、さらに個別的判断をする必要があったところ、右判断に必要な資料の提出がなかったというにある。よって、この点について検討する。
[25]　法9条2項1号は、一般旅客自動車運送事業者の旅客運賃等の変更認可基準として、「能率的な経営の下における適正な原価を償い、かつ、適正な利潤を含むものであること」と定めている（以下この規定を「適正原価・適正利潤条項」という。）ところ、なるほど控訴人の主張するように、過剰利益防止の目的からの平均原価方式により設定され多数の事業者が一致して採用している運賃より低額の運賃の設定を希望して行われた個別申請についての審査においては、利潤を適正な範囲内に制限すべきであるとの考慮とは逆に、適正原価維持を考慮して、運転者の労働条件低下からサービス面や安全上の問題を引き起こし、或いは不当な価格競争を引き起こすおそれがないか検討する必要があることを否定できない。
[26]　しかし、本来労働条件の確保は運賃政策のみにより実現すべきものではなく、主として使用者と労働組合との団体交渉のなかで双方の努力により解決されるべきものであり、不正競争防止も法94条所定の権限や法31条の事業改善命令の権限行使等のより直接的で有効適切と考えられる方法が準備されているのであって、これらの方法による解決をさておいて、運賃決定だけでこれらの危険を回避しようとするのは本来相当でなく、国民生活全体から見て道路運送の総合的な発達を図り、もって公共の福祉を増進する上で充分な合理性を欠く。即ち、民間の競争を促進することにより、国際的な経済摩擦の回避や日本経済の活性化を図り、消費者に対するサービスの質を高める必要があることは否定できず、適正原価・適正利潤条項においても能率的な経営が前提とされているのは、この趣旨と解されるからである。そうすると、このような観点を考慮することなく、労働条件の確保及び不正競争の防止のみを重視することは、法の趣旨に反することになる。
[27]　一般に、適正原価・適正利潤より低い運賃水準のため労働条件の低下または不正競争などの問題が発生している際に、平均的原価方式による水準に達しないまでも値上申請がなされたときに、適正原価・適正利潤条項の定める基準に達しないとしてこれを却下することは、事態を放置するのと同じであって、益々これらの問題解決は困難となるのに、低い運賃のまま放置して当該業者が周囲との摩擦のため廃業に至り問題が解消するのを待つのでは、それが近い将来に実現可能とされるものでない限り背理である。まして右のような問題が現実に生じていないのに、平均原価方式による水準に達しない値上申請を適正原価・適正利潤条項に定める基準に達しないとして却下することは、業者の経営努力を否定し経済の活性化を妨げることに繋がるといわざるを得ない。更に、認可は補充行為であるから、法9条は、業者の申請の範囲を超えて値上げを認可することを許さないものと解される。
[28]　したがってこのような申請がなされた場合、当該行政庁としては、現行運賃水準では能率的な経営の下における適正な原価を償うことができないか否かを審査し、償うことができないと判断するときは、適正原価・適正利潤条項を弾力的に解釈し、申請の値上げ運賃額が平均原価方式により設定されている運賃以下であっても、右値上げによりいくらかでも利潤を生じるときには、適正利潤を含むものとして、特段の事情のない限り、業者の申請を認可することが法の予定しているところということができる。そして、業者が右の認可後の運賃によってもなお労働条件の低水準化や不正競争を図ろうとしているなど公共の福祉を阻害している事実があると認めるときは、法31条により運賃値上げその他の事業改善の命令をするべきものである。
[29]　このような見地に立って本件を見ると、運輸局長は、毎事業年度毎に、財務諸表、人件費明細書及び営業概況報告書の提出を受け（法94条、運輸省令21号参照）、本件申請の直前に他の業者から平均原価方式による値上申請の基礎資料の提出を受けており、また被控訴人らの本件申請の理由は前示認定のとおり円高差益の減少、一般的な運転手の賃金水準の上昇と消費税転嫁にあって、これらの客観的事情の下で被控訴人らが現行の運賃では能率的な経営の下における適正な原価を償うことができない事態に至っており、改めて消費税の転嫁により能率的な経営のための改善を図る必要があるというのであるし、申請どおり認可しても労働条件の低下や不正競争等の問題が起こる蓋然性が高いという事情も窺えないから、本件申請につき、現行運賃水準では能率的な経営の下における適正な原価を償うことができないか否かは、運輸局長の下に既に被控訴人らや他の業者から毎事業年度毎や直近の値上申請の際に提出されている既存の資料により、充分審査できた筈のものであって、仮に不足があるとしても直ちに提出可能な若干の資料を補充することで足りるということができる。したがって、本件値上申請の当否につき法9条2項1号の基準に適合するか否を判断できる資料の提出がなかったとの控訴人の主張は採用できない。
[30]　次に本件申請の却下処分の適法性について検討すると、先に説示したところからすれば、被控訴人らが現行運賃では能率的な経営の下における適正な原価を償うことができない事態に至っており、改めて消費税の転嫁を図る経営上の必要があり、3パーセントの値上げにより利潤を得ることができるのであるから、本件申請については、適正原価・適正利潤条項の基準に適うものと見るべきであり、その他法9条2項各号に定める基準にも適っていると認められるから、これを認可すべきであるところ、これを却下した本件処分は違法であるといわなければならない。」